Nel 1954 fu casualmente riscoperto presso il coro della chiesa di San Francesco il registro inferiore di un importante ciclo di affreschi, in seguito staccato e riportato su tela a cura della Soprintendenza per i Beni 
Artistici del Lazio ed attualmente conservato presso il Salone Papale a Rieti. Le Storie di San Francesco scorrevano lungo le pareti del coro dei frati snodandosi attraverso gli episodi salienti della vita del Santo, dal Sogno di papa Innocenzo III alla Liberazione del vescovo Pietro dal carcere , dalla Guarigione del malato di Lerida al Miracolo del presepe di Greccio. 
L’ignoto frescante legato alla maniera della scuola romana dei Cavallini fu senz’altro informato dell’opera di Giotto presso il cantiere assisiate della Basilica, ma si rivelò capace di esprimere con originalità il senso intimo della narrazione, traducendola in modi schietti, ma mai vernacolari, all’interno delle ricche cornici architettoniche scandite dalle possenti colonne tortili, impaginata elegantemente tra riquadri marmorei in cui s’innestano delicate figure angeliche.
Ma le antiche pareti della basilica di San Francesco celano ancora significative tracce della primitiva decorazione pittorica. Data al 2009 la parziale restituzione della decorazione a fresco delle pareti del transetto a cornu Evangelii rinvenuta nel corso di un intervento di consolidamento delle strutture murarie e della copertura della chiesa. Sia pur compromessa dagli interventi di riassetto susseguitisi nel tempo, la decorazione originaria si sviluppa longitudinalmente su tre distinti registri scanditi da cornici che alternano girali fitomorfi a elementi geometrici a spina di pesce.
Al di sotto di un compatto strato di calce, sono ricomparsi pressoché integri – ad onta delle modificazioni intervenute nel corso dei secc. XVII-XVIII – notevoli affreschi databili al tardo Duecento, quando la chiesa da pochi decenni consacrata accolse il Capitolo generale del maggio 1289, presieduto dal cardinale Matteo d’Acquasparta, a cui presenziarono papa Niccolò IV, il francescano Girolamo Masci, e Carlo II d’Anjou, incoronato proprio in quei giorni re di Napoli.
Dopo aver pazientemente effettuato la rimozione degli strati di scialbatura e dei depositi accumulatisi nel corso del tempo, sotto l’alta sorveglianza della Soprintendenza ai Beni storici, artistici e demoetnoantropologici per il Lazio le restauratrici Martina Comis e Roberta Piroli hanno provveduto al consolidamento ed al fissaggio dei pigmenti, alla reintegrazione pittorica delle lacune mediante la campitura a ritocco.
Procedendo dall’alto verso il basso, il registro prossimo alla texture delle capriate ha restituito l’immagine maestosa di un luminescente lampadario sospeso a cui, sfruttando abilmente gli spazi della parete, si affiancano due candelabri.
Nel registro immediatamente sottostante, la cui integrità appare compromessa dall’inclusione di un finestrone secentesco e dalla pesante cornice marcapiano in stucco, si distende la scena affollata e vivace del transito e dell’assunzione della Vergine Maria, a cui assistono in cielo le schiere angeliche, in terra gli Apostoli.
Nel terzo registro, suddiviso in due distinti segmenti che impaginano l’altare delle reliquie, è raffigurato l’interno di una basilica dell’Ordine dei Frati Minori.
Nella parete nord si replicano con poco significative varianti l’immagine della lampada luminescente ed i fascioni floreali che delimitano ed armonizzano gli spazi ancora da indagare, sotto la cui superficie traspaiono i profili di raffinate figure angeliche. La parete orientale appare invece descialbata, restituendo anch’essa cornici a girali d’acanto e fasce geometriche policrome all’interno delle quali spiccano su un fondo stellato color rubino tre serafini che affiancano l’Eterno mentre innalza il Figlio entro una mandorla iridescente: la bella figura di Gesù Cristo in preghiera è circonfusa di luce, anch’essa accompagnata da angeli e serafini.
Testo a cura di Ileana Tozzi
Alcuni particolari del ciclo di affreschi “Le Storie di San Francesco”